故事发生在织田信长死后的伊贺国，当时丰臣秀吉正借助西洋人的力量迅速扩张势力，日本国内的大名纷纷联合起来以保全各自的家族势力。而主人公美少女日奈，从小就立志成为一名忍者，这一天终于忍不住向父母告别，来到了伊贺，拜明星人物天心小姐为师，开始了忍者的艰苦修炼。
在半年后的某一天，天心正在传授日奈学习隐身术。突然，加乃前来传信，要求立即到冈崎的服部半藏大人处，有新的任务指派。在询问一村民后，他们往东北方向经过大安村来到了尾张城。在那里，黑市商人黑铁买到了一些特殊的物品，然后继续往北到达了冈崎。刚一进村，就遇见了下忍。没来得及说上几句，他们就掉进了陷阱。看来要见到主人半藏还得接受一番考验。
好在地道中并无怪物，只有一个很简单的机关。只要小心一步一步走，很容易就可以通过。见到半藏大人后，他关心地问天心一年来的生活。原来天心曾是半藏手下的忍者，一时负气出走，许久未见两人叙旧。之后又陆续见到替父传信的小京、同样也前来接受任务的加乃和她新收的徒弟伊夜。似乎半藏大人的任务还很有些难度，雇佣了这么多的人手，仍然不放心，还得让日奈和伊夜这两位新手参加一场测试，只有通过了才有资格做为忍者接受任务。没办法，只好去东边凤来寺里的洞窟中取回一份卷轴。而天心和加乃两位师傅则要等她们回来再商议具体的任务。
此时两人的等级都很低，凤来寺里面的敌人根本打不过。建议先在冈崎城外多练功升级。如果血不够了，可以很方便地进城内的客栈睡一觉。除技力外，其他各项全加满。技力是每普通进攻敌人一次，就增加一些。也可到凤来寺山东边的滨名湖温泉附近练功。损血后进温泉一泡，体力、技力、术力全加满！之后，到离冈崎西边的修行山，只要多备好补血道具，把“地狱炎罗”学会更好，到游戏后期也是经常用到的技法。
等级达到6级以上后，可以进入凤来寺。具体走法如下：进入寺庙后，拐一个ㄇ型的弯，直走可以看到一个地藏菩萨的石像(此处存档)。接着，先往左边拿松茸再往上走(地藏石像隔壁那条路),然后进入寺庙，直往右上的方向走，最后到达一个有湖水的地方。在这里开启宝箱后会得到卷轴，然后与BOSS妖鬼王、妖鬼后交战。
第2章 正式的任务
回到半藏大人家后，终于接到了正式的任务。原来半藏的主公德川家康欲与土佐的大名，长宗日奈部接为同盟，由日奈和天心负责调查他们的真实意愿，而加乃和伊夜则去大坂监视丰臣秀吉的行动。于是大家开始各自的行动任务。
出城后往西经过津港，再行至小京家。得知要到达长宗日奈部的首府冈丰必须从这里往北走→过桥后通过北边的山路→到达葛城村后继续向北→到达界港→座船前往四国的小岛村，上岸后往南→越过剑山即到。由于她正在研制新式火枪“破头火”，即将开战而不能同行。
当行至界港时，日奈解救被人当普通狸猫关在笼子里面的凌尔路义行。他会使用变身法术。在城中的最右上方又遇见了黑铁，注意及时补充高级物品。在黑铁的身旁有NPC昆塔欧雷加入，将他编入队伍可以帮助消灭敌人，而且不需要给它加血。
经过小松岛越过剑山(选第三条岔路)后到达物部村。村的右上角又有NPC:一排地藏菩萨。与从右数第三个对话，他们就会加入到队伍了！
物部村西北不远就到达冈丰村。进城后天心建议大家分头行动，收集到情报后然后如果身穿忍者服或武士服，是不会得到任何情报的。要用村女装和武士服分别与全部村民对话一次，最后再回到城中最上面，过桥后和士兵对话，便可以得到消息：元亲城主现在正率军攻打被河野家抢回的汤筑城。游戏中服装的更换可按F4键，调出装备列表，其中人像右方即可看到，共有三种服装在不同的场合更换。回到会合地点，大家移至客栈详细商议。
决定潜入元亲大人府一探究竟
大家在当晚决定潜入元亲大人的府邸，以了解真相。他们偷听到两个家臣的谈话，得知元亲城主最近行为异常，似乎被某种力量所控制。就在此时，他们听到里面传来一阵怪异的声音，众人大喊有鬼，冲进去一探究竟。
进入军帐发现邪术控制元亲大人
大家闯进军帐后，发现有一个外国传教士正在对元亲大人施加邪术，企图控制他的意志。经过一番激战，大家成功击败了这名邪恶的传教士。此时，元亲大人也恢复了清醒，得知这名传教士名叫赛西欧，而他自己竟然一直被人操纵。
告诉半藏消息的捷径
大家急于将这一消息告知半藏知道，幸运的是，狸猫大哥凌尔路义行知道一条捷径：从这里向东走有座坂山，山里有个可直通和泉一带的洞窟，通过洞窟到达对岸的淡轮村，这样就不用坐船了。
回城途中抵达太田城
穿过山洞后，大家发现前方有一个村庄。奇怪的是，许多村民都聚集在外面。走进人群一打听才知道，该村南边纪之川下游的太田城刚刚经历了一场大战。秀吉军战胜了杂贺忍者军。大家一听，都非常担心小京的安危，于是一起来到太田城。
太田城内情况堪忧
城内一片狼藉，上二楼的最左侧房间，见到了倒在血泊中的杂贺孙一。得知小京在楼上，大家上到三楼最右侧的房间，却只看到小京的特制火枪。这时，一个中年男子(塞西欧)走出来表示已经收拾了小京。天心拔刀冲过去却被他一掌打倒，随后召唤出两个怪兽将众人缠住。在众人除掉怪兽后，塞西欧已经逃走。经过一番商议，大家决定先回冈崎。
重回冈崎的归途漫长
从太田城出来后，越过饭盛山，然后往右走到津港，乘船来到常滑。继续往右走到底，终于回到了冈崎。
天心向半藏大人报告了此次任务的调查结果，但半藏不允许大家再有任何的私自行动。伙伴们只好回到了天心的家伊贺之里。回来后，天心一直都放心不下小京的安危，一天终于决定以个人的身份前往大坂，打探小京的下落。日奈甘愿被撤消忍者称号也要加入，天心劝不过只好答应。
第4章 天心被擒 由依加入
天心建议往天守阁探探，去秀吉最可能出现的地方，说不定会遇上执行另一任务的加乃她们。一行人来到丰臣秀吉的首府大坂，让狸猫大哥变成秀吉家的大臣混了进去。
没料到在府内虽然遇见了加乃和伊夜，但也遇见了塞西欧、和一个武功奇高的年轻武士(四郎)。尽管人数众多却不是敌手，这时四郎又使出他威力巨大的最后一击！关键时刻，天心和加乃表现出师傅的护爱之情，坚定地留下来阻挡敌人，却把日奈、伊夜、狸猫传送到淀川河畔。随后，加乃也赶到会合，告诉大家天心没有能够逃出来，但那些异国人好像会去九州，说完还交给日奈一个护身符，说是在战斗时捡到的，并让大家立即回到半藏大人处，将事情的经过原原本本地汇报，然后就离去。
师傅离开后，伊夜却作主说到京都现在的异国人最多，调查要紧，日奈也很担心师傅天心的下落，于是大家决定去京都。
大坂城路线：从冈崎城往西到常滑→搭船到津港→往西走到纪之川→往北，过桥→继续往北走→进入三国山→往北走路经葛城村→再往西北走到一个地方有路牌→往东北走进入大坂城(若往走则进入京都)
在大坂城内有一处叫姬玉殿的地方，使用在洞窟捡到的入场卷进入，可以玩民国教育、射击、拼图等几个小游戏来获得好的装备。在出来的时候，又可找到一个藏在门口一群侍女堆里面的NPC。
京都路线：从大坂往西北走，先过桥，看到一座城镇，就进入到京都府了。在城的左上侧河边有一NPC可加入，此处又可遇见黑铁，她会卖给你新式武器“火鸟蛋”。
进城内调查得知，这附近新开了一间名为“升天圣教会”的异国宗教组织，吸引了很多来自世界各地的人们前来参加。
大家决定前往教会打听凶手塞西欧的下落，却被教士粗鲁地赶了出来。在出门的一刹那，他们发现一位少女昏倒在地，原来她是饥饿过度导致身体虚弱。众人将她带至河边，给她买了许多食物，并与她闲聊。少女名叫由依，正准备前往九州，却因遗失钱财而陷入困境。众人了解到九州一带有许多可疑的异国人活动，便邀请由依加入他们的队伍。
就在大家准备离开时，突然遇到一位少年(亚特)。伊夜和他一见面就莫名其妙地发生了争执，亚特随即召唤出两头怪兽。令人生疑的是，他似乎与塞西欧有某种关联。击败怪兽后，亚特使用隐身术离去。众人继续前往九州，希望能够找到线索解开谜团。
第5章 由依的身份
从京都出发，经过猪名川村，继续向西行进。在路上可以看到一个路牌，也可以先去汤乡温泉。然后返回正路继续向西走，再看到一个路牌。先往南走到吉永村存档，继续向西进入关卡，展开战斗。
在猪名川村往西的路上，可以看见播磨修行山和播磨村。在村子的左侧有一个NPC可以选择加入队伍。
来到关卡的树林中时，众人突然遇到一个神秘黑衣人。狸猫大哥凭他的嗅觉认为是个女人，然而在大家疑惑之际，那人脱掉黑外套，竟然是日奈们四处寻觅的小京。看她的样子，似乎也被洗脑了。大家只好先将她制住，小京不敌晕倒在地，头部疼痛难忍。尽管如此，她还是使用了隐身术逃脱了。不过大家知道小京还活着，心中也稍感安慰。但现在最紧要的是设法通过关卡。然而前方有卫兵严密守卫，根本无法通过。因此只好返回吉永村寻求帮助。
再次进入吉永村时，竟然遇到了很久没见到的伊夜的师傅加乃。她严厉地训导了日奈们一番，让日奈们赶快回到半藏大人那里，然后急急忙忙离开了。加乃走后，日奈和伊夜都不愿再回去，而且还没有来得及告诉小京被洗脑的消息，决定还是按原计划行动。在村内打探消息，终于从一位大婶口中得知最近有许多异国人往妙见山跑。而在村内最右上方的房间内，穿着村女装对老爷爷说话或是穿着武士服对老奶奶说话都可以知道一条消息：妙见山内有秘道可通往高松城！
大家来到了妙见山。往上直走再转弯→拿取宝箱(祭神土偶)再返回入口→从右边走→与人物对话→继续向右走→走第二条岔路向右转→往上左转直走→上楼后走第二条岔路后向右走→再向下走即到高松城府内。
进入洞中即可看见庙宇的方向，对准后一直向前，即可到达。在右侧仔细寻找方发现秘道的入口。看来越靠近异国人的地方，怪物也特别多，洞中的怪物要小心应付，最好备齐补血药品。
高松城府上楼从左边一直往下走到底→向右走到底进入楼梯→再往左直走到底向上走→走到底房前右转→往上走可拿取宝物护手甲*野火→走回原来直路再到下面那间房→拿宝箱玳瑁梳子→之后往右边的房间，直走向上→进楼梯，上楼后一直往下转弯→在往上之后进入房间→再下到一个房间在房间中央右转(通过暗门),上楼梯→走到左边那个房间→由左边往上走出房间→先去拿宝箱姬玉殿招待卷→从宝箱隔壁那条路往下走转弯走到底→上楼后往左边走→与梅葳战斗。
从秘道一出来就已经到了高松城的首府。大家偷听到房间里塞西欧、亚特和他们的上级梅葳的谈话，原来这其中果然有个大阴谋。他们不仅对长宗日奈部家的元亲大人施法洗脑，而且还对其他大名也有行动。现在长宗日奈部家终于还是让他们的阴谋得逞了，已经归顺了丰臣秀吉。而异国人表面上打着帮助丰臣秀吉的旗号，暗中却意欲独自统治整个日本。
在动画《异国人侵略日本之时》中，由依是异国人，随异国传教士的教主奥狄姆一起来到日本。后来，奥狄姆想利用她身上巫女血统的魔力，与另一个魔法极厉害的人合作就能够一瞬间掌握整个国家人民的心智，但由依却不愿意这样做，终于在另一具有正义感的异国人瑟利斯的帮助下逃了出来。后来却发现异国人仍然没有死心，继续用其他的方法仍进行着计划，现在她决心回到异国人的大本营九州，试图劝说教主奥狄姆放弃野心。
在游戏剧情中，角色们需要完成一系列的任务以推进故事发展。以下是重构后的情节描述：
1. 角色们首先来到了一个位于海边的木户村。他们进入了一名船夫的家中，换上适合的服装与船夫进行了对话。得知船夫需要找回一顶漂亮的假发放载大家过河后，众人便开始帮他寻找这顶假发。
2. 在木户村，虽然假发的数量众多，但并非都是船夫所需的。为了寻找到合适的假发，角色们需要先到村子最北面的一个有路牌的地方，换上忍者装并跳到河对岸的小屋中。在那里，他们将找到船夫所需的假发，并且会自动回到船夫处。
3. 接下来，角色们来到了汤田村。在靠码头的一丛树下，他们找到了NPC小雷神。随后，他们向西继续前行，在一个村庄里发现了许多人的尸体。其中一名女子正在与魔界骑士王搏斗。帮助这名女子取得胜利后，她向角色们透露了自己的名字——静香。静香告诉他们，她正在寻找两年前失散的哥哥，并拿出了一个护身符。伊夜抢过护身符一看，发现它与加乃捡到的那枚完全相同。静香得知伊夜的主人可能已经去了九州大陆后，决定加入他们的队伍。同时，她还将村内唯一的幸存者——异国小姑娘妮妮亚带上了旅途，准备为她找一个地方寄养。
4. 角色们继续往西前往下关。在这里，他们得知这里有一座寺院。然而，寺院主持却因为妮妮亚是异国的孩子而拒绝让他们进入寺院。无奈之下，角色们只好带着妮妮亚一同上路。
5. 经过一段时间的航行，角色们来到了小仓。这里是九州大陆的一部分。一下船，角色们就在码头看到了可怕的四郎正与一名男子交谈。静香冲上前喊着四郎的名字，试图让他回家。然而，四郎似乎并不为所动，正准备离开。这时日奈追了上去质问天心的下落，却被四郎召唤出一群士兵将众人包围起来。眼看四郎就要离去，士兵也随之消失。
6. 静香告诉大家，她有线索。原来她认出刚才与四郎谈话的秃顶老头就是博多的富豪岛井宗室。只要找到这位宗室，就可以知道四郎的下落。静香询问了一个村子里的小姑娘后得知，从这里向西南方向可以到达博多。
7. 来到博多后，角色们找到了岛井宗室开设的店铺。然而得知宗室尚未从小仓回来后，众人商议决定在此地等候消息。约定黄昏时分在客栈碰头后再分头行动。
在游戏中，你可以从博多往东南方沿着黄沙地走→进入三国山→往南走到底→往右直走→看到地藏石像可存档→继续往右走直到看见路牌→往上直走→进入太宰府山道→继续往上走→到达太宰府神社。
在太宰府神社里，你可以与神官对话后，找到小泉。但是小泉表示对天心的下落无法提供任何线索，但是很玄妙的告诉大家，所追踪的一行人却离她们越来越近。
静香府内，你可以找到岛井宗室的店里去找那个秃顶老头，这次见到了他，静香说她就是四郎的妹妹，希望能帮助找到哥哥。岛井宗室却告诉静香四郎已经回家了。
从这里往东，可以到达关卡。来到关卡前，静香出示通行证，过关卡，向南走就会看到一座小镇。
在府内左上角会找到NPC小麒麟。
阿苏山顶上可以看到四郎和天心战斗。四郎不知用什么方法一瞬间就把天心弄出来。但天心竟也被洗过脑了，四郎下令她进攻后就离去。大家只好与天心交战。
大家找到八代港的客栈住下，半夜日奈发现由依不见了，急忙叫醒大家出去寻找。出村后发现由依正向一片树林走去，跟上前看见她正与瑟利斯讲话。原来瑟利斯告诉由依，奥狄姆也被什么力量控制了意志，发生了这么大的变化，完全与以前的理想背道而驰。
伊夜十分生气地上前质问由依为什么违反约定私自行动，急气攻心之下感冒发作引起高烧，就病倒了。这时又路过一个人，是由依以前的老乡，将大家带到一个村庄。村长见有外人进来非常不满意，但当他看清是由依回来时，就变得非常欢喜，连忙找来助手帮伊夜把病治好。并且告诉由依，奥狄姆会到富士山建立新据点。于是大家又回到八代港，在渡口边又遇见下忍，他是来下达半藏大人的新指令，去富士山找到异国人的新据点，看看又有什么阴谋。
接下来，大家乘船前往沼津，向村民打听得知要去富士山必须先到爱鹰村打听。在沼津的北边来到爱鹰村，刚一进村，村民一看到妮妮亚就全部吓的躲进屋里。在一间民房旁遇见一个神秘女子，她问大家是否需要休息，并告知在村子西边有一间破庙可以休息。
接着来到爱鹰寺，大家歇下。到了半夜，却又一群村民围在寺庙外，大喊要杀掉妮妮亚。妮妮亚惊恐之下恢复了记忆，变成一个具有超能力的人，失去了理智将所有的村民杀光。为了阻止她的杀戮行为，大家只好将她抓住，带她下山到中山村，把她交给大夫治疗。
商议后，大家决定立即向富士山出发。刚一出村，就在西边看到了一片颜色奇怪的森林，原来这就是通往富士山的树海迷宫。进入迷宫后，先往右走到底，然后往上。其中一处往下可得到天珠(技力的最大值在战斗时加二分之一),还可以捡到给由依使用的“最强的弓”。最后过一座桥就会遇到塞西欧和亚特。
进入山洞后，往左上方一直走，就遇上了梅葳。一定要装备好防麻痹的药丸，她的法术可以让队员麻痹后无法攻击。
在打赢战斗后，先往右方可以找到三个宝箱：日奈最强的武器、由依最好的防具和另一个可以让术力全满的神之香。然后沿着岩浆往上方走，不久就可以遇到曾经帮助由依逃跑过的瑟利斯。他可以无限地帮大家补满血，还可以找他存档(这是最后一个存档的位置)。从他口中得知奥狄姆已经找到了取代由依魔力的魔法石像，然后再配合富士山地下溶浆的力量就可以启动出那个可以控制全日本国的魔法。
当他正要说出幕后真正的主使时，大地一阵震动，大家顾不上说许多，急忙去阻止奥狄姆。走到门口，伊夜被门上强劲的魔力震了出来，瑟利斯不惜耗费真气解开魔法结界，但无法随大家一起进入。
在大结局中，救到天心后，只看见奥狄姆完全失去理智，已经认不出由依，只好打败他终止他的计划。失败后的奥狄姆终于清醒，这时四郎突然出现在他的身边，一刀刺中了没有防备的奥狄姆。原来四郎也想用魔像的力量来统治日本，这样就可以保全渡濑家的势力，而他也成为整个日本的统治者。
然而当打败了四郎后，却没有想到莱夏又出现了。原来她才是真正的幕后主使，这一切的阴谋都是她策划的。是她用邪术控制了奥狄姆，而且大家都受骗了。终极邪术并不是用来控制人的意志，而是将日本岛上所有的人消灭！
当和莱夏战斗时是最艰苦的一战。开始她会变化成树精状的怪物，打完后才现出人形，所以不要一下子就将术力和道具用完。当莱夏被打败后，竟然还用最后的力气打向受伤在地的奥狄姆，然后纵身跳进了身后的岩浆中，以此引发终极邪术。
果然地下的岩浆开始沸腾，地震开始了。由依为了拯救世界，也跳进了岩浆。日奈放声大哭，大家沉浸在悲痛中，而太阳又正升起......
游戏中的特殊地点有六个修炼山的地点：三河地区的常滑东面、近江的界港东面、阿波的小松岛西面、播磨的猪名村西面、安芸的高松城西面、筑前的博多东面。游戏初期如果去杂贺的鬼六之家，与他对话就会得到元气之素。天心离队后又去一次，又会得到一个卷轴。
姬玉殿内不会发生特殊事件，但抽奖特奖为“鬼刃刀”，攻击力一般，但可吸收敌人的HP。建议在抽奖时先存档并多试几次，以获得商店中没有的装备。
当从博多前往府内途中，过了关卡往东走有一处温泉。若穿着武士服与温泉村的一位老公公对话，他会帮忙占卜，并提示你往前走会有幸运的事情发生。走到被一片树林挡住的地方，沿着河岸往上走便会发现最顶端的树其实可以通过。继续往右走一小段路，可以看到上方有一个小岛。换上忍者服装后向上跳跃，即可抵达“开发者程序设计师之城”。进入城市后，观看一些废话，其中会有两人告诉你两条密技：
1. 在更换服装时，同时按住键盘的“上”“下”键即可出现日奈穿着日本女学生的隐藏水手服。遗憾的是，她无法交谈，也不知道有什么作用。
2. 在游戏进行时按下“kuukirusaikoru”，即可听到日奈睡觉时的音效。
如果再按一次“tab”键，你将发现还有许多其他密技！
NPC的作用是：找到他们后要存档才能看到他们。将他们加入编队后，它们将自动攻击敌人。此外，这些NPC还可以帮助主角练功。具体方法是在编队时将需要提升等级的角色单独留在战斗队伍中，其他角色全部替换为NPC。这样一来，一场战斗下来就会比原来多出三到四倍的经验值。如果再搭配从姬玉殿玩游戏赢来的“妖鬼之角”，效果会更好。虽然它会使攻击力减半，但可以让经验值达到原来的1.5倍。
