《西斯的反击》是星球大战前传三部曲的最后一部，讲述了银河共和国末年，战争冲突不断，而隐匿千年的西斯伪装身份进入共和国政府，绝地武士团也适逢最薄弱和僵化的时候，无力察觉。

在电影中，克隆人战争已经进行了三年。共和国的歼星舰和分裂主义联盟的战舰在首都上空，正进行着一场壮观的太空大战。共和国取得了胜利，联盟的格菲将军和杜库伯爵劫持了议会的帕丁议长作为人质，正准备逃离共和国。奥比旺和阿纳金分别驾着共和国的战机去营救议长，途中遭到联盟机器军的拦截。最终，两人降落在贸易联盟的飞船上，与格菲将军的机器军展开一场大战。

帕丁被消灭后，阿纳金终于向温杜大师坦白了自己的真实身份——西斯皇帝。然而，温杜依然不甘心失败，他率领着三名绝地武士前往帕丁的官邸，要求他交出军事权。议长则悄悄把光剑藏在袍子内，并开启了录像装置，等待着他们的到来。

当四位绝地武士拿着光剑面对议长时，他装作惊慌地大叫“谋杀！造反！”，然后突然抽出光剑，毁掉了录像装置，并用前所未见的剑法杀死了除温杜外的其他绝地大师。接着，他向温杜大师施展出西斯的原力闪电，在发力的过程中他的脸不断抽搐，终于显露出西斯皇帝狰狞的真面目！然而他依然不是温杜的对手。

阿纳金匆匆赶来，要求把帕丁提请议会审判。温杜说帕丁已经控制议会，他准备直接结果帕丁。阿纳金愤怒地拔剑，砍断了温杜拿剑的手。帕丁则用西斯闪电把温杜扔出了窗外！英勇的温杜大师牺牲了。

这时，帕丁向阿纳金公开了他的真实身份：西斯皇帝。阿纳金跪下，归顺了西斯，并被授予“达斯·维达”这个西斯名字。帕丁来到议会发表演说，声称温杜想刺杀他，绝地武士已经完全背叛共和国，宣称将共和国改为帝制。

黑暗皇帝现身了！他的第一个命令就是消灭所有的绝地武士！阿纳金和暴风军团闯进绝地神殿，大开杀戒，将包括儿童在内的绝地武士全部杀害。在外面追缴机器军和分裂军残部的奥比旺和尤达大师等人，突然遭到收编的克隆军团的偷袭。原来克隆军团收到皇帝的命令，让他们消灭绝地。奥比旺和尤达大师死里逃生，回到神殿，面前是绝地们死伤殆尽的惨状。通过监视录像，他们发现了阿纳金的所作所为。

这时，阿纳金来找帕德梅，告诉她绝地发动了叛乱，自己将去木法星彻底结束战争，等他回来，两个人就能永远在一起了。帕德梅对阿纳金的爱影响了她的判断。阿纳金率领着浩浩荡荡的西斯军队直奔木法，那里分裂分子的头目们还以为他是来保护他们的，没想到阿纳金关上门，却抽出了光剑！因为他们对西斯君王已经没用了。疯狂屠戮后的阿纳金已经彻底滑向黑暗。

阿纳金走后，奥比旺找到了帕德梅，告诉她阿纳金已经倒向黑暗，并制造了神殿的惨案。帕德梅不愿意相信这一切。她担心奥比旺会杀死阿纳金，谎称不知道他去了哪里。奥比旺失望离去，临走前说：他早已知道阿纳金要做爸爸了。心情沉重的帕德梅准备去木法星寻找阿纳金，奥比旺悄悄跟到了船上。

尤达大师找到帕丁，光明与黑暗力量的两位顶级大师展开了一场前所未有的巅峰对决。然而，在这场激战中，尤达被西斯闪电击中，身受重伤。幸运的是，议员贝尔·奥甘纳及时出现，将他救走。

与此同时，帕德梅来到了木法星，这里遍布着火山岩浆。阿纳金询问她是否告诉过奥比旺自己的行踪，帕德梅回答说没有。这时，阿纳金终于向帕德梅透露了自己的野心：将来要消灭西斯皇帝，自己统治银河。帕德梅非常吃惊，难过得心都要碎了。

正在这时，奥比旺出现了。阿纳金以为是帕德梅带他来的，用原力把帕德梅掐晕过去。C-3PO和R2两个忠心的机器人将帕德梅救回飞船。然而，师徒之间的矛盾已经无法避免。阿纳金愤怒的原力超过了奥比旺，但奥比旺利用有利的地形占了上风。奥比旺最后一次恳求在岩浆上漂流的阿纳金放弃原力的黑暗面，恢复星系和平。但阿纳金已经无法回头了。他抽出了另一把光剑--自制的红色西斯光剑，腾空跃起。奥比旺趁势砍断了阿纳金一条腿和一条胳膊。阿纳金的身体失去了平衡，跌入下面的熔岩中。奥比旺收起阿纳金的那把蓝色光剑，带着昏厥的帕德梅乘船离开。

西斯皇帝找到肢体残缺、奄奄一息的阿纳金，送到帝国的医疗室，对他进行紧急抢救。帕德梅在生下女儿莉亚和儿子卢克后，伤心气绝。体无完肤的阿纳金被帝国医疗机器人救活，并被包裹上黑色的盔甲。他的身体大部分都是机械装置了。阿纳金向皇帝询问帕德梅的下落，皇帝告诉他：帕德梅已经被他--阿纳金杀死了。阿纳金咆哮起来，他的原力如风暴般狂乱倾泻，让遥远的奥比旺和尤达感觉到了他还活着。

为防止皇帝和阿纳金找到孩子，尤达建议把他们分开抚养。议员奥加纳领养女儿莉亚带回奥德朗星球，并着手开始建立秘密的起义联盟。因为多嘴，C3-PO被删除了记忆，而R2D2的则保留了下来。奥比旺则带着卢克回到阿纳金丧母的塔图因星，将他交给欧文夫妇抚养，自己改名为本·克诺比，在农场附近的沙漠中隐居，暗中关注着卢克的成长。

在帝国歼星舰上，从医疗室走出来的已经不再是阿纳金，而是黑衣勋爵达斯·维达。维达来到窗前，同帝国皇帝――西斯君王达斯·西迪欧斯、以及最高军事长官塔金站在一起。三人望向窗外的苍穹。太空中，死星已经开始建造。