浙江人宁采臣，为人慷慨豪爽，方正自重。他常常对人说：“我一生中没爱过第二个女人。”有一次，宁采臣恰巧去了金华，来到城北的一座寺庙里休息。
这座寺庙的大殿宝塔十分壮丽，但地上长满了比人还高的蓬蒿，好像好久没有人来过。东西两侧僧人居住的房舍，门都虚掩着，只有南面一间小屋的门上，好像挂着一把新锁。殿东角有一片修竹，台阶下有大池塘，里边野藕丛生，已经开花。宁采臣很喜欢这个幽静的地方。此时恰逢学使来主持考试，城中房舍租金很高，于是考虑在这里住下，就散步等待庙中僧侣回来。
傍晚时分，有个读书人来开南面小屋的门。宁采臣走上前，行礼并告诉他自己想在此留宿。那个读书人说：“这里没有房主，我也是个在这里借宿的人。你不怕冷清住在这里，我早晚都能向你讨教，真是不胜荣幸。”宁采臣很高兴，铺些蒿草当床，又架起木板当桌子，打算在这里住些日子。
这天夜晚月光皎洁，宁采臣和那位书生一起坐在大殿的走廊聊天，各自说自己的姓名表字。书生自称姓燕，字赤霞。宁采臣心想他是来应考的秀才，但听他的口音，根本不像浙江人。于是追问那书生，书生自己说：“我是陕西人。”语气朴实诚挚。聊了一会儿天，两人便告别回房睡觉。
宁采臣因为在陌生的地方居住，久久难以入睡。他听见北边房里有人窃窃私语，好像住有家眷。他起身趴在北墙石窗下，悄悄看了一眼。看见短墙外一个小院落里，有一位四十多岁的妇女，还有一个老婆子穿着褪色的红衣服，头上插有银梳，一副驼背衰老的样子，那两人在月下说话。妇人说：“小倩为什么久久不来？”老婆子说：“差不多该到了，”妇人说：“她没向姥姥发牢骚吗？”老婆子答道：“没听到，但她看上去很忧虑。”妇人说：“小丫头不能当作自己人看待。”
话未说完，就有个十七八岁的女孩进来了，模样好像很美。老太婆笑着说：“背后不说人，我们两个正说你呢，没想到你这个小妖精悄悄进来了，幸亏我们没说你什么坏话。”老太婆接着说：“小娘子长得好比画中人，我要是个男人，也会被你把魂勾跑。”女孩说：“姥姥不夸奖我几句，还有谁会说我好？”妇人和女孩子说了些什么，宁采臣没有听清。他想这是邻居家眷的私语，所以躺回草床不再听她们说话。过了一会儿，寺庙里一片寂静。
刚要入梦境时，宁采臣觉得好像有人进了他的卧室。他急忙起身一看，发现是北院那个叫小倩的女孩子进来了。他不由得吃了一惊，问她进来干什么，她说想跟他一起睡。宁采臣一本正经地说：“你不怕别人议论，我还怕别人说闲话呢。偶然一失足，就会成为一个道德沦丧的无耻之徒。”女孩说，夜里没人知道。宁采臣大声责骂，女孩犹豫徘徊想要说什么。宁采臣吼道：“快走开！要不然，我就要喊南边小屋里的人了。”听了这话，那女孩有些害怕，只好走开了。
刚走出门又转身回来，把一锭金子放在宁的床褥上。宁马上把它扔到院子的台阶上，斥责说：“不义之财，弄脏了我的口袋。”女孩羞愧地拣起金子走了，嘴里还说：“这个男人真是铁石心肠。”
第二天一早，有个兰溪的书生带着一个仆人来应考。他们住在寺庙的东厢房里。不料，书生竟在当天夜里暴死了。死后发现，他的脚板心有个小限孔，像是被锥子刺的，还有一缕缕血丝流出来了。大家都不知道这是怎么回事。过了一个晚上，书生的仆人也死了，他的症状和书生一模一样。晚上，燕生回来了。宁采臣问他知不知道死因，他认为这是鬼魅干的。宁采臣为人耿直，根本没把鬼的事放在心上。
到了夜里，那个女孩子又来找他。她对宁采臣说：“我见过的人多了，但没有像你这样刚直的人。你有圣贤人的品德，我不敢欺骗你。我叫聂小倩，十八岁就病死了，埋在这座寺院旁，不幸遭受妖物的威胁，干了不少伤天害理的下贱勾当。
我用容颜去迷惑别人，这本来并不是我愿意做的。现在这寺中没有人可以杀，鬼夜叉很可能要来杀你。”宁采臣听了这话，十分惊骇，他请求小倩帮他想办法。聂小倩说：“你跟燕赤霞住在一屋便能免除凶灾。”宁采臣问了一句：“为何不去迷惑燕赤霞？”小倩回答说：“他是个奇人，鬼妖不敢接近他。”
宁采臣又问：“你们怎么样去迷惑人呢？”聂小倩说：“和我亲昵的人，我悄悄用锥子刺他的脚心，这样，他很快就昏迷过去了，于是，我再吸他的血给妖怪喝。有时候，我用金子去勾引，其实那不是金子，而是罗刹鬼的骨头。这东西留在谁那里，就能把谁的心肝掏去。这两种方法，都是迎合如今人们贪色好财的心理。”
宁采臣问她什么时候戒备，她说明天晚上。临别时，小倩哭着说：“我掉进了大海，找不到岸。你是仗义君子，一定能救苦救难。如果你能把我的朽骨带到一个清净的地方安葬，我将感激不尽。”宁采臣答应了她的要求，问她的坟在哪里，她说：“请记住，白杨树上有乌鸦巢穴的地方便是。”说完出门，片刻消失不见了。
第二天，宁采臣担心燕赤霞外出，便早早来到他的房间，邀请他共进晚餐。上午九点左右，酒菜准备妥当。在宴席上，宁采臣留心观察燕赤霞的一举一动。他表示想和燕赤霞同床共枕，但燕赤霞婉言谢绝，称自己喜欢安静。宁采臣不听劝阻，到了晚上，强行将被褥搬到了燕赤霞的房间。燕赤霞无奈，只好与他共度夜晚。他嘱咐宁采臣：“我知道你是个大丈夫，对你也很敬佩。然而，我有些私事不便明说。请你不要翻看我的小箱子。否则，对你我都不会有好处。”宁采臣恭敬地答应了。
随后，两人各自入睡。燕赤霞睡前将小箱子放在窗台上，过了一会儿，他鼾声如雷。宁采臣翻来覆去难以入眠。约莫一更时分，他发现窗外隐约有人影，正悄悄靠近窗户窥视，目光闪烁。宁采臣惊恐万分，正要喊叫燕赤霞，忽然听见一个小东西从箱子里飞出，像一匹白绸缎闪闪发光，击碎窗户石格，猛然射向外面，随即消失不见。
这时，燕赤霞醒来起身，宁采臣假装睡着，暗中观察他。只见燕赤霞拿起箱子检查，从中取出一件物品，月光下嗅了嗅。那物品晶莹剔透，约有两寸长，韭菜叶子般大小。然后，燕赤霞将它紧紧包裹起来，放回箱子里。燕赤霞自言自语：“什么老妖怪，竟敢如此大胆，把我的箱子都弄坏了。”于是，他又躺下来继续睡觉。
宁采臣觉得此事太过离奇，便起身询问燕赤霞，并将刚才所看到的一切告诉了他。燕赤霞说：“既然我们已经成为好朋友，我也不必再隐瞒了。我是个剑客。若非那个石格阻挡，那妖怪当时就会丧命。虽然它这次逃脱了，但已受到重创。”宁采臣询问他刚才藏起来的究竟是什么，燕赤霞说是剑，并表示刚才闻到它的味道有妖气。宁采臣表示想看看这柄剑，燕赤霞拿出给他看，原来这是一把亮闪闪的小剑。
次日清晨，宁采臣到窗外查看，发现地上有一片血迹。这天傍晚，宁采臣走出寺院，在寺院北边发现了一片荒坟。仔细一看，果然有一棵白杨树，树上有个乌鸦巢。
宁采臣办完事后，急忙整理行装准备回家。临行前，燕赤霞设宴送行，并将破皮囊赠给宁采臣。他告诉宁采臣：“这是剑袋。你好好收藏它，它可以避妖怪。”宁采臣想要向燕赤霞学习剑术，但燕生表示：“像你这样诚信刚直的人本来是可以学的，但你是富贵阶层的人，不适合从事我这一行。”宁采臣撒谎说有个妹妹埋葬在寺院北边，打算迁葬。于是，他挖出聂小倩的尸骨，用衣衾包好，租船返回家乡。
宁采臣的书斋靠近郊野，他回家后就将小倩的坟建在斋外。建好安葬后，他祭祀说：“可怜你孤零零的，把你葬在我小屋旁边，这样，你的悲欢我都能听见，而且，这里也不会有恶鬼来欺凌你。一杯水酒，不成敬意，请不要嫌弃，把它喝了罢！”
他祝福完以后正准备回家，忽然听见身后有人喊道：“请等等我！”回头一看，竟是小倩。聂小倩笑着谢宁采臣：“你的信义，我永远也报答不尽。请让我随同你回去，拜见婆婆，就是做个丫头小妾也心甘情愿。”
宁采臣细细打量她，见她肌肤细嫩，小脚尖尖，身材娇娇，妩媚动人。于是，便带她一同回到书斋。宁采臣让她先坐一会儿，他先进去告诉母亲。他母亲听说后感到很吃惊。当时，宁采臣的妻子已病了很长时间，母亲叫他不要声张，以免刺激病人。他们母子正说着话，聂小倩已悄悄进屋，跪在地上拜见宁采臣的母亲。
宁采臣介绍说：“这就是小倩。”宁母惊慌地看了看她，心里很害怕。聂小倩说：“我孤单一身，远离父母兄弟。承蒙公子关照，使我摆脱了困境。因此，我愿意侍奉他，以报答他的恩德。”
宁母见她模样很可爱，才敢与她说话。宁母说：“姑娘肯照顾我儿子，我这个老太婆当然很高兴。只是我一生仅养了这个儿子，要靠他传宗接代，不敢让他娶个鬼妻。”小倩说：“我真的没有二心。九泉之下的人既然得不到您的信任，那就让我把公子当兄长对待，听候您老人家的吩咐，早晚伺候，行不行？”
宁母觉得小倩的话说得很真诚，便答应了。小倩说她想拜见嫂夫人，宁母推辞说宁妻患病在床，多有不便。小倩也就没有去。接着，小倩立即到厨房，给母亲做饭。她在宁采臣家进进出出，穿堂入室，像是来了很长时间一样，一点都不陌生。
当天晚上，天色逐渐暗下来，宁母有些害怕她了，便让她先回去睡觉，却没有为她准备床被。小倩意识到这是母亲想要赶她走的信号，于是，她便悄悄地离开了。
当她经过宁采臣的书房时，她想进去又不敢进，在门外徘徊。宁采臣叫住了她，她说：“房里有剑气，让人害怕。前些时候在路上不敢见你，就是这个原因。”宁采臣顿时想起燕赤霞送给他的破皮袋，于是他赶紧把袋子拿下来挂到别的房间去了。小倩这才进了书房，在烛灯边坐下。坐了半天也没说话，后来，她问宁采臣：“你晚上读书吗？我小时候念过《楞严经》，现在多半已忘光了。请你帮我找一册，夜晚空闲时我请大哥指点指点。”宁采臣答应了。两个人又无话可讲，小倩也不说告辞。
到了二更以后，小倩仍然坐在书房里不走，宁采臣催促她，她伤心地说：“我是外地来的孤魂，特别害怕到荒墓里去。”宁采臣说：“这里没有别的床，而且兄妹之间，也应该避嫌。”小倩站起身，一副愁眉苦脸要哭的样子，想迈步却又迈不开步子。她慢吞吞地走出书房，过了台阶就不见了。宁采臣心里很可怜她，想留她睡在别的床上，又担心母亲会责怪。
第二天一早，小倩向母亲请安，端水给她盥洗，家务活忙个不停，而且样样都合宁母的心。傍晚时分，小倩主动离开书斋。她经过书房时，经常借着烛光念经，直到宁采臣要睡觉时才凄然离去。本来自从宁妻病倒以后，宁母便操持起所有的家务，她已疲劳不堪。自从小倩来到家以后，宁母就清闲多了。天长日久，宁母和小倩渐渐熟悉和熟悉彼此，她对小倩也越来越疼爱。到后来，宁母已经忘记小倩是个鬼变的，而不忍心晚上叫她走，便把她留下来跟自己一起睡觉。初来时的小倩不吃不喝，半年后才开始吃点稀饭。宁采臣母子都非常喜爱她，从来没有说过她是鬼。
不久后，宁妻病逝了。宁母想收小倩做儿媳，但她担心小倩不能生育，于是小倩表示采臣将来会有三个男孩，不会因为有鬼妻就没有后代。为了庆祝这个喜事，宁家大办酒席，邀请了很多亲友。婚礼当天，小倩穿着一身新衣服，大方地出来见亲友们，让满堂宾客都为之惊叹。他们不再怀疑她是鬼，而是认为她是仙人。因此，各方亲戚纷纷前来祝贺，并争相拜见小倩。
小倩擅长画兰花和梅花，经常作画答谢宾客。得到她的画作的人都将其珍藏起来，视之为荣耀。有一天，小倩靠在窗前忧心忡忡地看着外面。突然问：“革囊在哪里？”宁采臣回答说：“因为你害怕它，所以把它藏在了其他地方。”小倩说：“我已经很久没有感受过生人的气息了，不妨将革囊挂在床头吧。”宁采臣询问她这样做的原因，小倩说：“这几天以来，我的内心一直充满忧虑，我猜想金华的妖怪会因为我逃跑而记恨上我，迟早会来找我麻烦。”宁采臣于是拿革囊过来。小倩反复看了看，说：“这是剑仙用来盛装人头的宝物，现在已经破成这样了，不知道杀了多少人。我现在看到它都还是浑身发抖。”于是把革囊悬挂起来。第二天又让宁采臣把革囊移到门口。晚上两人点灯相对而坐，忽然有一个像鸟一样的东西飞了过来。吓得小倩躲进了夹幕里，而宁采臣则看着那个东西如夜叉般的模样，眼睛炯炯有神，舌头血红，全身发光迅速向前冲去。到了门口停住了脚步，在那里徘徊了好久，然后慢慢靠近革囊，用爪子抓取革囊，似乎要将其撕裂开来。
革囊忽然响了一声，变得跟篑一样大。恍惚之间从里面突出了半个人影，将夜叉揪了进去。随后一切恢复了平静，革囊也变回了之前的样子。宁采臣既惊又怕地看着这一切，而小倩也出来了，高兴地说：“没事了！”一起看着革囊里面的景象，只见里面只有清水而已。
几年后，宁采臣考中进士，小倩也生下了一个男孩。后来宁采臣又纳妾了，而小倩和她各自也生了一个男孩。他们的孩子后来也都成了有名望的人。
