《生化危机5:惩罚》的故事发生在1998年，地球陷入了空前的绝境。保护伞公司研发的T病毒肆虐全球，人们变异成为丧尸相互残杀。受到T病毒影响的红皇后变得异常残忍，企图消灭人类并毁灭地球。唯一能够阻止红皇后、拯救人类的只有爱丽丝(米拉·乔沃维奇饰)。然而，爱丽丝被保护伞公司囚禁在海底秘密基地中。
当爱丽丝从保护伞公司的秘密实验室苏醒后，她失去了记忆，面临一连串的误会和困扰。为了拯救人类，她不得不踏上新的征程，这次她不再孤军奋战，而是与旧友冰释前嫌共同对抗敌人。在前进的路上，爱丽丝还遇到了保护伞公司的前员工艾达王(李冰冰饰)。
整个故事以爱丽丝为主线展开，通过她的视角让观众深入了解这场灾难背后的真相。影片中的人物关系错综复杂，爱丽丝与艾达王之间的恩怨情仇也为剧情增色不少。最终，爱丽丝成功击败红皇后，拯救了地球上的生灵。
