《加勒比海盗2:亡灵箱》的剧情是这样的：在夺回了自己心爱的“黑珍珠”号之后，杰克船长并未就此过上风平浪静的逍遥日子。在无边的大海上，有一艘名叫“飞翔的荷兰人”号的怪船，此船可以潜入水中，火力强大，船长是戴维·琼斯——一个章鱼头，螃蟹脚的怪物，他的所有船员，也都是和各种海洋生物融合在一起的怪胎，和活死人不同，这些怪胎是有血有肉的。不仅如此，戴维·琼斯还控制着一头巨大的章鱼——挪威海怪。琼斯早年为情所伤，因心痛难忍，他把他的心挖了出来，放到了亡灵箱中并把箱子埋在了一个无人知晓的岛上。而这个在大洋深处都令人人闻风丧胆的魔鬼，将驾驶他的“飞翔的荷兰人”号乘风破浪而来，向杰克船长讨还一笔血债，因为杰克的黑珍珠号曾经沉没过，是琼斯帮杰克把她拉了出来。杰克当然知道琼斯的挪威海怪，他下令让船员们赶紧靠岸，到哪都行。与此同时，威尔和伊丽莎白的婚礼被东印度公司的贝克特勋爵所搅乱 。