工藤新一，原本是一位颇具名声的高中生侦探。他目睹了黑暗组织的地下交易，正准备追踪时，却被突然袭击昏倒，并被灌下代号为“APTX4869”的神秘药物。虽然他成功幸免于死，但身体却缩小成小学时期的大小。

为了继续追查黑暗组织，并寻找能恢复原来新一对身体的办法，他化名为江户川柯南，住进了邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲——著名侦探毛利小五郎家中。在那里，他继续秘密地从事着追查黑暗组织的工作，同时私下里探索着获得解药的方法。

在这个过程中，柯南凭借其超凡的推理能力，以及阿笠博士为他发明的各种高科技道具，成功地帮助毛利小五郎破获了许多看似棘手的案件，使他们成为了当地的知名侦探。而故事的内容也并非只围绕着犯罪和侦查行动，其中还包括了许多爱情、友情、背叛、复仇等丰富的情感元素。

综上所述，工藤新一在经历了种种磨难后，以江户川柯南的身份继续在黑暗中探索，寻找恢复自己原貌的希望。在这个过程中，他的智慧、勇气以及对正义的坚持，都使得这个角色深受读者喜爱。