江户川柯南，原本是一名颇具名声的高中生侦探，在一次目击黑暗组织地下交易时，不幸被他们灌下代号为“APTX4869”的不明药物。虽然他成功幸免于死，但身体却因此缩小成了小学时期的模样。为了继续追查黑暗组织的活动，他化名为江户川柯南，并在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲——侦探毛利小五郎家中。在那里，他继续秘密地从事追查黑暗组织的工作，并私下寻找能够恢复原来新一的样貌的方法。
与此同时，柯南凭借着自己的推理天赋和阿笠博士为他发明的各种道具，帮助毛利小五郎成为了一个备受赞誉的大侦探。故事中穿插了许多爱情、友情、犯罪、背叛和复仇等情节，使得整个故事更加紧凑有趣。
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