工藤新一是一位著名的高中生侦探，他经常解决各种棘手的案件。然而，在一次追查黑暗组织的行动中，他目睹了一场地下交易，正准备追踪时却被突然袭击并昏厥过去。当他醒来时，发现自己被灌下了一种神秘的药物，并被迫缩小到了小学时期的身材。

为了掩盖自己的真实身份，新一化名为江户川柯南，并寄住在他女友毛利兰的父亲——著名侦探毛利小五郎家中。在这个过程中，他继续秘密地调查黑暗组织的活动，并且寻找着解除药物的方法，希望能够恢复原来的身体和身份。

与此同时，柯南依靠着自己的聪明才智和阿笠博士为他发明的各种道具，帮助毛利小五郎破获了许多看似无解的案件，并逐渐成长为一名备受称赞的侦探。整个故事充满了许多情感元素，包括爱情、友情、背叛、复仇等等，让人们不禁陷入其中。