在德川幕府末期，外太空的天人降临至江户，完全掌控了这个城市。此时，天人的文明已高度发达，高楼大厦林立，电车电话无处不在。在这个现代化的城市中，坂田银时(杉田智和 配音)经营着一家名为万事屋的事务所，他是一个平日里懒洋洋但骨子里仍秉持武士之魂的人。与他一起工作的还有志村新八(阪口大助 配音)和夜兔族幸存者神乐(钉宫理惠 配音)。在他们的努力下，万事屋度过了一个又一个繁忙而又麻烦重重的日子。
然而，某次意外事件让银时被抛入时空隧道，出现在五年后的未来。他发现，这里已经被神秘病毒“白色诅咒”摧残得一片废墟。江户的百姓生活贫困痛苦，攘夷志士策划向政府发动绝死反攻，社会秩序全面崩溃。在这个充满黑暗与恐怖的未来，银时邂逅了两个年轻人。一个是腰别洞爷湖英姿飒爽的眼镜青年，另一个是带着巨大的白狗身着华服的冷艳美女。他们竟然是已经成长起来的新八和神乐！更令银时难以置信的是，他竟亲眼目睹刻有自己名字的墓碑！
面对这个陌生而又残酷的未来，银时不禁疑惑：过去五年究竟发生了什么？如何才能改变这个没有他的未来，让它重新回到光明和希望的轨道上来？
