在第二次冲击之后，世界陷入了一片废墟。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市，原以为能见到父亲的欢迎，却目睹了名为“使徒”的巨大生物与军队激战。危急时刻，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。然而，真嗣所面临的却是父亲冷酷的命令：驾驶名为“EVA”的巨大人型机器人与使徒作战。
在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击。关键时刻，2号机勇猛地击败了对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾(由宫村优子配音)。与沉默寡言的绫波丽(林原惠美配音)不同，明日香自信张扬，甚至有些自大。在与真嗣相处的日子里，两人不断发生趣事，感情逐渐加深。
三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，共同抵抗着第八使徒猛烈的攻击。在这个过程中，他们心中逐渐涌起了淡淡的情愫。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣和他的伙伴们面临着生与死的严峻考验。
