龙门镖局曾是中原最为繁荣的镖局，但随着时代的变迁，它却渐渐走向衰败。在这样的情况下，镖局接到了一趟利润丰厚的大镖，但却在中途遭到山贼的袭击，全军覆没。镖局因此遭到巨额索赔，面临着破产的风险。
京城隆昌票号的少东家陆三金看到了这个情况，毅然决定挺身而出为镖局偿还债务，并收购了整个镖局，成为新东家。然而，收购后他却发现大家都在混日子，镖局的经营状况并没有得到改善。镖局少奶奶盛秋月看在眼里，急在心头，但由于自己不懂经营，她在镖局里并没有发言权。同时，陆三金的理念与原有的经营思路产生了严重冲突，使得镖局内部矛盾不断激化。
就在陆三金准备放弃的时候，盛秋月决定把自己的股份分给大家，希望能够唤起大家对镖局的信心。于是，在她的鼓励下，陆三金亲自率领镖局的一干人等，开始用实际行动重振龙门镖局的雄风。
《龙门镖局》与《武林外传》有着密切的前世今生关系。剧中的镖局少奶奶盛秋月去世的丈夫正是《武林外传》中佟湘玉的哥哥；而镖师白敬祺则是白展堂与佟湘玉的儿子；吕青橙则是吕秀才与郭芙蓉的小女儿。这对青梅竹马的小情侣离家闯荡江湖，最终来到舅妈掌事的龙门镖局谋生计。
除了人物上的传承外，该剧在人物口头禅、动作设计、以古喻今等方面都延续了《武林外传》的风格。
