新一是一位颇具名声的高中生侦探，他目击了黑暗组织的地下交易。不料，在追踪时，他被突然袭击并昏迷过去。之后，他被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。尽管他幸免于死，但身体却从此缩小为小学时期的模样。

为了继续从事追查黑暗组织的工作，新一化名为江户川柯南，寄住在女友毛利兰的父亲——侦探毛利小五郎家中。在这个过程中，新一不断探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来的样子。与此同时，他还利用自己的推理天赋和阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。

整个故事中穿插了许多不同的情节，包括爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等。通过这些故事情节的展开，读者可以更加深入地了解角色之间的关系以及他们所面临的挑战。