江户川柯南，原名工藤新一，是一位著名的高中生侦探。然而，在一次意外中，他目击了黑暗组织的地下交易，并准备追踪他们。不幸的是，他在行动中被突然袭击并昏迷过去，随后被灌下了一种名为“APTX4869”的神秘药物。尽管他幸免于死，但他的身高却缩小到了小学时期的样子。
为了继续寻找黑暗组织的下落并且希望能够找到恢复原来身体的方法，江户川柯南决定化名为江户川柯南，暂时寄住在他女友毛利兰的父亲——著名侦探毛利小五郎家中。在这个过程中，他秘密地进行着追查黑暗组织的工作，同时私下里寻找着可以解除药物副作用的方法，希望能够恢复原来的身体。
在他的助手阿笠博士为他发明的各种道具的帮助下，江户川柯南依靠自己的推理天赋成功地解决了许多棘手的案件，并帮助毛利小五郎成为了一名更加出色的侦探。整个故事充满了各种爱情、友情、犯罪、背叛以及复仇等情节，让读者们沉浸在一个充满谜团和惊险的世界中。
