《盟军敢死队3:目标柏林》提供了4大战役，总共25个任务。其中，伦敦战役被认为是教学篇，玩家需要潜入德国大使馆窃取机密情报。每个战役都有自己独立的故事主线，玩家可以根据喜好选择不同的战役顺序。本作中展示了之前未曾出现过的二战场景，如斯大林格勒战场、奥马哈海滩的D-DAY日登陆大战等。在柏林战役中，玩家需秘密潜入盖世太保总部并展开杀戮，同时在另一个任务中与整车的纳粹周旋于列车上。
斯大林格勒战役发生在俄国斯大林格勒城市中，包含两个关卡。第一个关卡主要利用阻击手和炮手进行攻击，它们的杀伤力极强，可以歼灭大量敌军。此外，还会有伞兵空降兵协助作战。第二个关卡场面更大，需要先轰炸再发挥主角绿色贝雷帽(Green Beret)的特殊能力方能完成。
柏林之战开始时会出现一个大编队，由一个领导者带领。编队中的每个角色都持有独特的武器，根据个人能力进行设置。在遇到不同情况时，采取不同方法进行攻击。关卡中展示了柏林内部高大雄伟的建筑设计，纹理制作细腻。敌人四处游动，玩家需要时刻保持警惕以免遭到覆灭。最后关卡中，玩家可以看到各种室内区域设计，室内3D画面绚丽，旋转视角变换让人惊喜不已。
诺曼底登陆主要进行水战。乘坐火车从柏林出发，抵达诺曼底后进入水路。作战需要根据实际情况进行调整，水上景色清新，作战灵活度高。玩家需要迅速反应并根据环境变化调整战术。特别小组中的每个成员都有各自的拿手本领，如隐蔽、破坏、爆炸等。只要合理使用，它们在作战中都能发挥巨大作用。
