新一，原本是一位颇具名声的高中生侦探，却在目击黑暗组织的地下交易时，被突袭击昏并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。虽然他幸免于死，但身体却缩小为小学时期的模样。为了继续从事追查黑暗组织的工作，新一化名为江户川柯南，寄住在女友毛利兰的父亲——侦探毛利小五郎家中。
在小五郎的帮助下，柯南不断展开各种调查和破案活动。同时，他也在私下里探寻能够恢复原来身体的解药，希望能够早日重回原来的身份。在这个过程中，柯南凭着自己的推理天份，以及阿笠博士为他发明的道具，成功地解决了许多看似无解的案件，并帮助毛利小五郎成为了出名的大侦探。
除了主线故事外，《名侦探柯南》还穿插了许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。这些元素使得整个故事更加丰富多彩，也让观众更加容易产生共鸣和情感上的投入。
总之，《名侦探柯南》凭借其独特的故事情节、精彩的人物形象以及丰富的情感体验，成为了一部备受喜爱的动画作品。无论是对于成年人还是青少年，它都是一部值得一看的好作品。
