工藤新一曾经是一位颇受赞誉的高中生侦探。然而，在一次追踪黑暗组织的行动中，他被暗杀并被灌下了代号为“APTX4869”的神秘药物，虽然侥幸逃脱，但是身体却变成了小学时期的模样。为了继续从事追查黑暗组织的工作并寻找解药的方法，他化名为江户川柯南，寄住在女友毛利兰的父亲——侦探毛利小五郎家中。
在这个过程中，柯南依靠自己的聪明才智和阿笠博士发明的道具，协助毛利小五郎破获了许多案件，成为了备受瞩目的大侦探。故事中还穿插了众多爱情、友情、犯罪、背叛和复仇等情节。尽管身体变小，但柯南始终保持着对正义的执着追求，为了恢复原来的身份和揭开黑暗组织的真面目而不屈不挠地努力着。
