江户川柯南，原名工藤新一，是一位颇具名声的高中生侦探。在一次目击黑暗组织地下交易的过程中，他准备追踪时突然被袭击昏迷，并被灌下了代号为“APTX4869”的不明药物。虽然他侥幸幸免于死，但身体却因此缩小成了小学生的模样。
为了继续追查黑暗组织，以及寻找恢复原来身体的解药，江户川柯南化名为江户川柯南，寄住在他女友毛利兰的父亲——侦探毛利小五郎家中。在这个过程中，他暗中秘密进行了调查，希望能够找到解除药物副作用的途径。
同时，依靠着他出色的推理天赋，以及阿笠博士为他制造的各种奇特道具，他也成功地协助毛利小五郎破获了一起又一起的案件，使得毛利小五郎的侦探声誉日益提高。
整个故事中充满了各种元素，包括爱情、友情、犯罪、背叛和复仇等。这些元素交织在一起，形成了一个复杂而引人入胜的故事世界，让读者在阅读的过程中既能感受到紧张刺激的侦探剧情，又能体会到角色之间深厚的感情。
