工藤新一，一个名震米花高中的高中生，他与小兰是青梅竹马，两人之间的感情一直十分要好。他不仅继承了父亲出类拔萃的推理能力，被誉为高中生中的名侦探，还热衷于阅读推理小说，对福尔摩斯这个角色更是充满了崇拜之情。此外，他在足球方面的造诣也堪称一流。然而，他的人生却在一次意外中发生了翻天覆地的变化。
在一次不幸被卷入黑衣组织的交易中，工藤新一竟然被灌下了名为APTX4869的毒药。尽管他侥幸逃脱了一死，但却因此变成了一个年仅几岁的小孩，并改名为江户川柯南(取自两位著名侦探小说人物的名字)。幸运的是，他的智力并没有因此衰退，依然能够帮助毛利小五郎破解各种棘手的案件，寻找黑衣组织的线索。而体力上的不足，则通过阿栗博士的发明得到了弥补。
在变小之后，江户川柯南进入了米花小学1年级B班就读，在那里结识了步美、元太、光彦三位好朋友，并组建了一个少年侦探团。不论是变小之前还是之后，他都一直是一个音痴，唱歌时走音的程度简直令人咋舌。而了解他真实身份的人物包括：阿栗博士、他的父母(听博士说的)、服部平次(在与柯南共同破案的过程中自己发现的)、怪盗Kid(在与柯南的较量中自己发现的)以及灰原哀(在变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的)。
由于在变小后曾与小兰一起洗澡、同床共枕，柯南最担心的就是自己的真实身份会被小兰知道。因为一旦此事曝光，小兰那强大的空手道攻击可不是开玩笑的。
