新一在变小后化名为江户川柯南，寄住在毛利小五郎家中。他秘密地继续追查黑暗组织的工作，并试图寻找能够恢复原来身体的解药。柯南凭借自己的推理天赋和阿笠博士发明的道具，帮助毛利小五郎破案，成为一名著名的侦探。故事中还穿插了许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。
在这个过程中，柯南结识了一群志同道合的朋友，包括小学生侦探团的成员们。他们一起解决了各种难题，也经历了许多惊险刺激的事件。同时，柯南也与毛利兰建立了深厚的感情，但由于身份保密，他一直未能向兰表白。
另一方面，黑暗组织也在不断寻找机会夺取APTX4869解药。他们在组织内派遣了多名特工，试图通过各种手段获取药物或阻止柯南等人的调查。与此同时，黑暗组织的首领也逐渐浮出水面，他的真实身份引起了一系列震惊人心的事件。
随着剧情的深入，柯南和他的朋友们越来越接近真相，但同时也面临着越来越大的危险。最终，他们成功阻止了黑暗组织的计划，找到了解药并恢复了新一的身体。然而，这并不是故事的结局，因为黑暗组织的真正头目仍然隐藏在幕后，等待着下一次的机会。
