工藤新一，一名高中生，就读于米花高中二年级。他与同学小兰是青梅竹马，两人感情深厚。新一继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他热爱阅读推理小说，尤其是福尔摩斯的作品，同时在足球方面也具有非凡的天赋。
不幸的是，新一卷入了一个神秘的组织交易，被迫服用了名为APTX4869的毒药。尽管他没有死亡，但却变成了一个只有八岁的小孩，改名为江户川柯南(取自两位著名侦探小说人物)。然而，幸运的是，他的智力并未减退，仍然能够帮助毛利小五郎破案，寻找黑衣组织的线索。为了弥补他在体力上的不足，阿栗博士为他发明了一种装置。
自从变小后，柯南就成为了米花小学1年级B班的学生。在那里，他结识了步美、元太和光彦这三个朋友，并成立了少年侦探团。无论是变小前还是变小后，柯南都是一个音痴，唱歌时走音的情况非常严重。
知道柯南真实身份的人有：阿栗博士、他的父母(通过博士得知的)、服部平次(在与柯南共同破案的过程中自己发现的)、怪盗基德(在与柯南的较量中自己发现的)以及灰原哀(在变小前调查新一时发现的)。
由于在新一时曾和小兰一起洗澡、同床共枕的经历，柯南非常担心自己的真实身份会被小兰知晓。因为一旦被她知道，后果将不堪设想，毕竟小兰可是空手道高手。
