工藤新一，原本是一位颇具名声的高中生侦探。在某次追查黑暗组织的地下交易时，他目睹了这起案件，正准备追踪时却被突然袭击并被灌下代号为“APTX4869”的神秘药物。尽管他侥幸逃脱了死亡，但却不幸变成了小学生的模样。为了继续追寻黑暗组织的踪迹，工藤新一化名为江户川柯南，暂时寄住在女友毛利兰的父亲——侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事侦查工作。同时，他也在私底下寻找能够解除药物副作用、恢复原来身体的解药，希望有一天能够重振旗鼓地继续追查黑暗组织。
在阿笠博士的建议下，江户川柯南开始了他的侦探生涯。凭借着敏锐的观察力和推理能力，他在许多看似平凡的案件中都能够找到关键线索，并成功破解谜团。此外，他还得到了阿笠博士为他发明的各种神奇道具的帮助，如手表型麻醉枪、变声领结等，让他能够更加轻松地完成任务。而他的这些努力也逐渐得到了毛利小五郎的认可和赞扬。
与此同时，江户川柯南在与黑暗组织的斗争中结识了许多志同道合的朋友，包括警察犬、医学专家等。他们一起经历了许多险象环生的冒险，共同对抗黑暗组织。在这个过程中，他们不仅建立了深厚的感情纽带，还揭示了许多隐藏在案件背后的惊天秘密。
故事内容充满了爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等多种情节。工藤新一和毛利兰之间有着深厚的感情基础，两人相互扶持、共同成长；而柯南与黑暗组织成员之间则展开了一场智力与勇气的较量。在这个充满悬念和惊喜的故事中，读者可以感受到作者对人性的深刻剖析和对正义的坚定信仰。
