新一，原本是一位颇具名声的高中生侦探，但在目击黑暗组织的地下交易后，却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。为了继续从事追查黑暗组织的工作，他化名为江户川柯南，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中。
在阿笠博士的建议下，江户川柯南继续秘密进行调查，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。同时，他凭着自己的推理天份和阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。
江户川柯南在与黑暗组织的斗争中遇到了许多人和事件，包括他的青梅竹马毛利兰、警方同事们以及一些神秘人物。在不断探索真相的过程中，他也逐渐发现了自己的身世之谜。同时，他还要面对黑暗组织不断升级的威胁和挑战，时刻保持着清醒头脑和敏锐观察力。
整个故事充满悬疑和紧张感，同时也充满了温馨和感动。它不仅展现了主角的成长历程和奋斗精神，也探讨了人性的复杂性和社会的黑暗面。通过一系列精彩的案件和角色之间的互动，这部作品深入人心，成为了经典动漫之一。
