新一是一个颇具名声的高中生侦探，在一次目击黑暗组织的地下交易时，他准备追踪时却遭到了突袭，被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。尽管他最终幸免于死，但他的身体却缩小成了小学时期的模样。为了继续追查黑暗组织并寻找解药，他化名为江户川柯南，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中。
在阿笠博士的建议下，柯南继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。同时，他还凭借着自己的推理天赋和阿笠博士为他发明的各种道具，帮助毛利小五郎成为一名出名的大侦探。
整个故事穿插了许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节，让读者在享受推理乐趣的同时也能感受到人物之间的情感纠葛。
