在2000年，一场被称为"第二次冲击"的巨大灾难席卷全球，近半的人类在这场浩劫中丧生，世界各地变得满目疮痍。经过15年的重建，人类家园终于得以恢复。然而，在这个看似平静的时代，一种神秘的不明巨型生物“使徒”却开始频繁地对地球发动攻击。
在这个世界的末日边缘，14岁的少年碇真嗣被迫离开避难地，来到第三新东京市。他的出现恰好赶上了一场军队与使徒的激战，危机四伏。然而，在这个关键时刻，一位美丽的女子葛城美里出现在了真嗣的面前，救下了他的生命。
葛城是NERV(日本电气公司)的特殊机关官员，她将真嗣带到了NERV总司令碇元渡的面前。父子重逢的场景并未给碇元渡带来丝毫的温情，他直接命令真嗣驾驶一台秘密制造的巨大机器人武器EVA初号机去对抗使徒。
面对父亲冷酷无情的命令，真嗣心中充满了不满和恐惧。然而，在看到少女驾驶员绫波丽在战斗中受伤却仍然坚持上阵时，他心中的同情战胜了恐惧，勉强答应驾驶EVA初号机出击。
尽管从未接受过战斗训练，但真嗣必须面对这场生死攸关的战斗。在这个关键时刻，掌握着世界命运的少年将如何应对挑战？而“第二次冲击”背后的“人类补完计划”的真实目的又究竟是什么？这一切都将在这部作品中揭晓。
