在第一次冒险的3年后，数码世界再次陷入了危机。为了拯救这个世界，新的被选中的孩子应运而生。这些原本已经进入中学的孩子(除了阿武和小光)不得不暂时离开数码世界和他们的数码兽伙伴，因为他们不能再长时间地守护这个世界。
某日，一个自称数码皇帝的凶暴少年突然出现，他攻击了数码兽，并企图利用黑暗螺旋环和黑暗塔控制数码兽们。在这位邪恶领导者的逼迫下，数码兽们不得不展开战斗。新一代被选中的小孩们共有3个，还有阿武和小光继续参战。
他们每个人都获得了一台新的暴龙机“D-3”，这台设备可以通过电脑进入数码世界，并且具有“装甲进化”的功能。只要使用数码装甲蛋，他们的数码兽即使在黑暗力量的控制下，也可以完成装甲进化。经过一番努力，他们成功阻止了邪恶的数码皇帝完成阴谋。然而，他的最重要的数码兽──虫虫兽却因为小贤(数码皇帝人格)的错而死去。
小贤对自己之前错误的行为感到后悔，决定加入被选中的小孩们，并与新出现的敌人亚基利兽(Archnemon)和她的伙伴木乃伊兽(Mummymon)展开战斗。亚基利兽有着独特的力量，可以增强黑暗塔的控制力。为了应对这个新的威胁，孩子们得知了DNA Digivolution的秘密，使他们的数码兽合并以获得更强大的力量。
当战斗被带入现实世界时，真正的策划者——及川悠纪夫，终于浮出水面。他从小贤那里得到了黑暗种子，并将其植入了希望和小贤一样的孩子们的身体里。这些种子利用孩子们内心的黑暗力量成长为花。最终，被选招的孩子们面对及川，了解到他是个极端不合群的人，他唯一的朋友是伊织的父亲——火田浩树。
浩树和及川年轻时经常一起玩电子游戏，最终着迷于数码世界并渴望进入其中。最后，有一个存在从他的身体里弹出，无异于“真正的”mastermind——究极吸血魔兽(Venom Vamdemon),现在重生为贝利亚吸血魔兽(Belial Vamdemon)。
故事的最后，全世界的被选招的孩子齐心协力，他们内心深处的光明和希望使得数码世界重新回到美好的地方。由于极度虚弱，及川无法进入数码世界，但他将自己的力量赠予了热爱的数码世界，与数码世界永远相伴。和平恢复后，数码世界与现实世界紧密相连，每个人都拥有了自己的数码兽。
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